Neophyten besitzen kaum natürliche Feinde, vermehren sich sehr stark und sind schwer zu bekämpfen. Neophyten sind eine der Ursachen für das Artensterben. Sie verdrängen einheimische Tier- und Pflanzenarten und sind Konkurrenz von Nutzpflanzen in der Land- und Forstwirtschaft ("Unkräuter").
Viele Neophytenarten gefährden die Gesundheit des Menschen, einzelne können Brandblasen und eine Pollen-Allergie auslösen. Neophyten beeinträchtigen landwirtschaftliche Nutztiere negativ. Der starke Wuchs kann an Strassen und Gebäuden Schäden verursachen.
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